เมื่อวันที่ 13 เมษายน 2533 คณะกรรมการคอมพิวเตอร์ ของรัฐได้อนุมัติระบบเครือข่าย คอมพิวเตอร์กรมพัฒนาที่ดินระยะที่ 1 ซึ่งมีเครือข่ายเชื่อมต่อข้อมูลระหว่างกองส่วนกลางและสำนักงาน ที่ดินเขตทั้ง 12 เขต

  ในปี 2534–2535 กรมพัฒนาที่ดิน ได้ทำการจัดซื้อระบบคอมพิวเตอร์ระยะที่ 1 จำนวน 14,199,400 บาท เป็นการจัดซื้อ Hardware Software อุปกรณ์ Network โดยติดตั้งแล้วเสร็จต้นปีงบประมาณ 2536 และได้เปิดใช้ระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์อย่างเป็นทางการขึ้น ในวันที่ 23 พฤษภาคม 2536 ซึ่งเป็นวันคล้ายวันสถาปนากรมพัฒนาที่ดิน ครบรอบ 30 ปี

  ในปี 2539-2542 กรมพัฒนาที่ดิน ได้ว่าจ้างมหาวิทยาลัยมหิดลจัดทำแผนแม่บท “การพัฒนาระบบคอมพิวเตอร์กรมพัฒนาที่ดินระยะที่ 2” เพื่อขยายเครือข่าย (จากเดิมเชื่อมสำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 12 เขต) เป็นการเชื่อมต่อถึงระดับฝ่าย ทุกฝ่าย และสถานีพัฒนาที่ดินจังหวัด ทุกจังหวัดในขณะนั้น ต่อมาสำนักงบประมาณได้อนุมัติเงิน ในวงเงิน 75,056,000 บาท ให้พัฒนาระบบคอมพิวเตอร์ ในปี 2540 และติดตั้งแล้วเสร็จในปี 2542

  เพื่อให้การดำเนินการด้านการพัฒนาระบบเทคโนโลยีสารสนเทศของกรมพัฒนาที่ดิน สามารถดำเนินงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ จึงได้จัดตั้งหน่วยงานเป็นการภายใน ให้กำกับดูแลระบบเครือข่าย และเทคโนโลยีสารสนเทศ ดังกล่าวขึ้น ชื่อว่า ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ ตามคำสั่ง กรมพัฒนาที่ดิน ที่ 1596/2542 เมื่อวันที่ 22 ธันวาคม พ.ศ. 2542

  ในปี 2545 ได้มีการจัดตั้ง ศูนย์สารสนเทศ อันเป็นผลสืบเนื่องจากการปฏิรูประบบราชการ ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2545 ลงวันที่ 9 ตุลาคม 2545 โดยมีฐานะเทียบเท่ากอง เป็นหน่วยงานกลางจัดหาระบบงานต่างๆ และสนับสนุนการใช้เทคโนโลยีสารสนเทศ ระบบเครือข่ายของกรมพัฒนาที่ดิน ทั้งส่วนกลางและส่วนภูมิภาค

  ในปี 2550 กรมพัฒนาที่ดิน ได้เห็นชอบการปรับปรุงโครงสร้างของศูนย์สารสนเทศ โดยได้แต่งตั้งเป็นการภายในขึ้นเป็น สำนักเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร ตามคำสั่งกรมพัฒนาที่ดิน ที่ 921/2550 ลงวันที่ 26 กันยายน 2550

  ในปี 2555 กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ.2554 ได้แบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน จำนวน 22 หน่วยงาน กรมฯ ได้มีคำสั่งกรมพัฒนาที่ดินที่ 435/2555 ลงวันที่ 26 เมษายน 2555 แก้ไขชื่อหน่วยงานจาก “สำนักเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร” เป็น “ศูนย์สารสนเทศ”

  ในปี 2557 กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2557 ลงวันที่ 19 ธันวาคม 2557 ได้แบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน จำนวน 24 หน่วยงาน แก้ไขชื่อหน่วยงานจาก "ศูนย์สารสนเทศ" เป็น "ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร" ตามกฎกระทรวงดังกล่าว